我が国では、平成４年の麻薬特例法の施行により疑わしい取引の届出が義務化されたものの、情報を一元化しこれを捜査機関等に提供する仕組みは設けられませんでした。

12年の組織的犯罪処罰法の施行により金融監督庁（同年７月に金融庁に改組）に我が国初のFIUが設置され、疑わしい取引に関する情報の処理や外国との情報交換に当たることとされました。

15年（2003年）にFATFが「40の勧告」を再改訂し、本人確認等の措置を講ずべき事業者の範囲を金融機関以外に拡大したことなどを踏まえ、我が国においても、マネー・ローンダリング及びテロ資金供与の防止措置を講ずべき事業者の範囲を、従来の金融機関等のみならず宅地建物取引業者、宝石・貴金属等取扱事業者等にまで拡大することとされました。

17年11月、FATF勧告を実施するための法律案の作成を警察庁が行うことなどを定めた政府の「国際組織犯罪等・国際テロ対策推進本部」決定において、前記防止措置を講ずべき事業者の範囲が金融機関以外の業種に拡大されたことに伴い、疑わしい取引に関する情報の処理、分析を中心とするFIUの機能を、金融機関を監督する金融庁ではなく、届出情報の全般を捜査や組織犯罪・テロ対策に活用する警察が担当することが適当であるとされました。

19年４月に一部が施行された犯罪収益移転防止法は、警察庁を管理しその補佐を受ける国家公安委員会が、特定事業者から届け出られた疑わしい取引の迅速かつ的確な集約、整理、分析を行うことなどの責務を有することを明らかにするとともに、国家公安委員会に対し、疑わしい取引に関する情報を捜査機関等や外国FIUへ提供する機能のほか、特定事業者の監督上の措置を補完する機能等を併せて付与しました。そして、同法の施行に関する事務を処理する機構として、警察庁刑事局組織犯罪対策部に犯罪収益移転防止管理官（26年４月に企画分析課と統合して組織犯罪対策企画課、更に令和４年11月に同課の所掌事務を改め組織犯罪対策第一課に改組）が設置されるとともに、その指揮下に、総括分析官（平成27年４月１日廃止）及び国際連携対策官がそれぞれ置かれ国際的には日本のFIUとして、JAFICと呼ばれています。